Dalam dekade 1920 - 1940 perantau Batak di Jawa-Tengah termasuk Yogyakarta pada umumnya bertujuan untuk belajar di perguruan tinggi atau sekolah-sekolah milik pemerintah Belanda yang berada di Yogyakarta dan sekitarnya. Hal tersebut didorong oleh keberhasilan gereja HKBP dalam membuka wawasan masyarakat Tapanuli dan sekitarnya sehingga masyarakat terdorong untuk berani merantau, keluar menyongsong  dan mengejar kemajuan yang telah dicapai oleh bangsa-bangsa lain.

 

Meskipun perantau Batak mudah beradabtasi dan berbaur dengan lingkungan baru, memori terhadap tradisi, seperti: penggunaan bahasa ibu, tata peribadatan, adat-istiadat dan sebagainya bukanlah sesuatu yang mudah untuk dilupakan.  Tataibadah gereja HKBP termasuk salah satu unsur budaya yang ikut membesarkan kepribadian dan tertanam jauh dalam ingatan para perantau dari Tapanuli. Oleh karena itu, bila perantau Batak berkumpul di parserahan, biasanya  mereka akan berusaha untuk mengadakan kegiatan doa dan ibadah bersama dan bila sudah memungkinkan, akan mendirikan rumah ibadah.

 

Pada hari Minggu, tanggal 7 April 1946 di Yogyakarta perantau Batak mengadakan kebaktian di rumah keluarga W. Hutabarat di Jalan Pakoeningratan No. 6 – Yogyakarta. Kebaktian tersebut  diprakarsai oleh kurang lebih 8 keluarga dengan pimpinam liturgi (agenda)  J. A. L. Tobing.  [Suratkabar Kedaulatan Rakyat, Sabtu,  6  April 1946]. Keluarga-keluarga  tersebut saat itu adalah anggota jemaat Gereja Protestan Margo Mulio Pasar Gede (sekarang GPIB).

Pada tahun yang sama jemaat tersebut mulai rutin mengadakan kebaktian di gedung SD Ungaran (posisi di belakang komplek Gereja HKBP Yogyakarta sekarang) dan tanggal 13 Oktober 1946, tempat ibadah pindah ke Gereja  Protestan Margomulyo Pasar Gede. Pernah juga menggunakan Balai Pertemuan Kristen Gondokusuman No. 41 milik gereja Gerefomeerd Yogyakarta dengan membayar 10 Gulden setiap bulan untuk perawatan, kebersihan dan tunjangan pegawai Balai tersebut.

Tanggal 29 September 1946 kebaktian pindah sementara ke Gedung Sekolah Menengah Kristen Terban 33, karena Balai pertemuan di atas akan dibangun menjadi Asrama Theologia tapi  tidak terlaksana.

Pada tanggal 17 November 1946 kebaktian kembali ke Balai Pertemuan Kristen Gondokusuman karena tidak jadi dibangun Asrama. Kantor Sekretariat Gereja HKBP pindah ke jalan Gondokusuman  38.

Kegiatan pelayanan gerejawi dari HKBP seperti; Sekolah Minggu, NHKBP dan Ibu-ibu telah dilaksanakan sesuai kemampuan sejak di Balai Pertemuan Kristen. Walaupun tempat tidak menentu tapi mereka semangat untuk menjalankan pelayanan tersebut.

Pada tanggal 14 Agustus 1948 adalah saat pertama jemaat HKBP mengadakan kebaktian di Gedung Gereja  Jalan Soeltansboulevard 22 (sekarang Jalan I Dewa Nyoman Oka 22) dengan mengundang jemaat gereja-gereja tetangga. Gedung tersebut  digunakan dengan status menyewa dari gereja Gerefomeerd Semarang. 

 

Gedung Gereja jalan Soeltansboulevard 22 (sekarang jalan I Dewa Nyoman Oka 22) adalah milik Gereja Belanda (Gereformeerde Kerk) Semarang. Diresmikan oleh Ds D. Baker pada tanggal 21 Mei 1923 sesuai prasasti yang ada dalam gedung gereja.

Perang dunia ke 2 membuat pemerintah Belanda bangkrut dan warganya banyak pulang ke negaranya sehingga jemaat Gereja Belanda di Semarang dan Yogyakarta semakin berkurang dan pengguna Gedung gereja Gereformeerde Kerk Djogjakarta akhirnya kosong. Situasi tersebut membuat  Gedung ini pada tahun 1942 sempat digunakan oleh warga Muslim sekitar sebagai Mesjid dan Gudang atas bantuan kekuasaan Jepang. Walaupun gedung adalah milik gereja Gereformeerde Semarang namun oleh karena situasi gejolak politik, hal tersebut benar-benar terjadi. 

Namun demikian, Belanda tetap berkeinginan agar gedung tersebut dapat tetap digunakan sebagai gereja, oleh karena itu perawatannya diserahkan kepada Majelis Gereja Kristen Yogyakarta, sehingga pada tanggal 15 September 1946 Gereja Kristen Jawa meminta gedung tersebut melalui perundingan: Polisi Tentara Devisi Comandant, Jawatan Agama Daerah dan Markas tertinggi Tentara. Hasil perundingan, gedung tersebut tidak dikembalikan dan masih tetap digunakan sebagai Mesjid oleh masyarakat setempat.

Pada tanggal 15 September 1946, HKBP mengadakan pertemuan dengan Mr. Amir Syarifudin Harahap dengan harapan agar gedung dimaksud dapat digunakan oleh HKBP untuk beribadah, sehingga pada tanggal 16 September 1946 HKBP mengajukan surat permohonan kepada Paduka Tuan Menteri Agama RI dan Paduka Wakil Presiden agar mengembalikan gedung tersebut menjadi gereja.

Tanggal 14 Januari 1947 HKBP membuat surat susulan kepada Mentari Agama RI untuk mengembalikan gedung tersebut bersama perlengkapannya, yakni: organ dan kursi. Setelah menunggu 2 bulan, pada taggal 10 Maret 1947 datang surat balasan dari menteri agama bahwa hal tersebut sedang dalam proses, tapi sayang tidak jelas tindak lanjut dari proses dimaksud dan bagaimana gedung tersebut dikembalikan, kurang jelas disini.

Pada tanggal 14 Agustus 1948, Gedung Gereja mulai digunakan oleh HKBP untuk beribadah  dengan status menyewa dari gereja Gerefomeerd Semarang.

Pada tahun 1953 dibentuk panitia untuk mengumpulkan dana dan mengusahakan agar Gedung Gereja menjadi milik HKBP.

Pada bulan Desember 1955 dilaksanakan transaksi pembelian gedung dari gereja Gereformeerde Semarang oleh HKBP dengan harga Rp 200.000,- (dua ratus ribu rupiah) dan dengan demikian Gedung Gereja jalan Soeltansboulevard 22 (sekarang jalan I Dewa Nyoman Oka 22) mejadi milik HKBP.

 

Tanggal 8 April 1956, yaitu  pada saat Pesta Peringatan 10 Tahun HKBP Yogyakarta,  Gedung Gereja diserahkan secara resmi. Untuk mempermudah balik nama atas jual-beli tersebut, disepakati membuat suatu Pemberian Hadiah (Schenking / Hibah) dari Gereja Gereformeerd kepada HKBP dengan ketentuan bahwa hutang perkumpulan Dekerkelijke kas te Djogjakarta sebesar Rp 37.500,- (tiga puluh tujuh ribu lima ratus rupiah) harus dilunasi oleh HKBP. Yang menjadi kuasa HKBP pada saat itu adalah  I. Hutauruk sebagai ketua dana Gereja HKBP Yogyakarta.

Tanggal 7 Agustus 1956, rumah sebelah gereja juga dibeli dari Gereja Gereformeerd dengan harga Rp 120.000,- (seratus dua puluh ribu rupiah), semula milik Belanda, sama seperti Gereja. Namun demikian, untuk mendapat rumah tersebut cukup sulit dari orang yang sempat tinggal dalam rumah tersebut, bahkan sampai ke Pengadilan sekalipun rumah tersebut masih ditempati pihak lain. Pada akhirnya Pemuda HKBP Yogyakarta melakukan tindakan kekerasan untuk mengusir penghuni yang berakibat Pemuda HKBP ditahan oleh Polisi,  baru rumah tersebut berhasil dikosongkan.

 

Tanggal 7 April 1946 dijadikan hari lahir HKBP Yogyakarta sesuai dengan tanggal pertamakalinya jemaat HKBP mengadakan kebaktian di jalan Pakoeningratan no. 6 – Yogyakarta. Seiring dengan waktu, perkembangan dan pertumbuhan jumlah jemaat, kebaktian dari rumah ke rumah keluarga, berkembang terus sehingga menggunakan tempat yang lebih luas, yakni: Gedung Sekolah,  Balai Pertemuan maupun Gereja setempat.

Jika pada awalnya ibadah dihadiri oleh kurang lebih 8 keluarga di rumah jemaat, maka dengan adanya Ibadah HKBP di tempat yang lebih luas maka peribadahan mulai diikuti oleh para Mahasiswa. Kebaktian-kebaktian dilayani oleh pendeta dari Gereja Kristen Jawa, GPIB, GKI dan sesekali datang pendeta HKBP dari Semarang.

Sejak 14 Agustus 1948, peribadahan berpindah-pindah tempat berakhir, karena gedung Gereja HKBP Yogyakarta di jalan Soeltansboulevard 22 sekarang jalan I Dewa Nyoman Oka 22, mulai digunakan oleh Jemaat HKBP sebagai tempat beribadah hingga saat ini.

Dalam Periode 1946-1950, di HKBP Yogyakarta, pernah melayani  anggota jemaat yang memiliki pengaruh besar dalam perkembangan sejarah Indonesia, antara lain:

1. Mr. Amir Syarifudin Harahap, ia seorang Kristen yang baik, pernah menjadi Ketua Kabinet dan Menteri Pertahanan RI , aktip mengikuti kebaktian HKBP Yogyakarta 1946 - 1950 

2. Jenderal T. B. Simatupang, waktu itu jadi direktur Akademi Militer Kotabaru (sekarang jadi SMA Bopkri  I. Mengenai perjuangan beliau dapat dibaca dalam bukunya “Laporan dari Banaran”

3. Willem Hutabarat, Sekretaris Wakil Presiden Muhammad Hatta.

Pada periode tahun 1950 – 1960,  NHKB Yogyakarta mulai bertumbuh melalui persekutuan. Koor NHKBP sempat hanya mannen koor karena kesulitan peserta wanita. Sejak tahun enampuluhan sudah menjadi tradisi yakni: acara perkenalan – penerimaan pemuda dan bahkan diperkenalkan kepada jemaat.